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31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

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Corsaire, Plate-forme de Métabolomique de Biogenouest

Services proposés par Corsaire

De votre question biologique aux données analysées

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A partir de votre question biologique et de la nature de vos matrices, Corsaire prend en charge votre projet. La prise en charge s'effectue par l'intermédiaire de l'animatrice Corsaire qui prendra soin d'orienter votre projet vers le plateau analytique adéquat à votre demande.

L'analyse chimique des échantillons est effectuée sur l'un des plateaux de la plate-forme. Les données brutes générées par les instruments peuvent être traitées grâce aux outils et aux compétences présents sur le plateau. En interaction avec le demandeur, des analyses statistiques peuvent ensuite être réalisées avec les outils et les compétences de Corsaire. Enfin, si les compétences de Corsaire le permettent, les données analysées peuvent donner lieu à une interprétation biologique, toujours en concertation avec le demandeur.

Selon les souhaits du demandeur, Corsaire peut également communiquer les résultats de l'analyse à différents échelons du processus :
- après l'analyse sur l'instrument : les données brutes
- après le traitement des données brutes : les données traitées
- après les analyses statistiques : les données analysées
- après l'interprétation biologique (en concertation avec le demandeur et selon les limites de la plate-forme) : les données interprétées.

  

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De par le grand nombre de plateaux analytiques impliqués, Corsaire est en mesure de se positionner en tant que plate-forme multi-compétente en métabolomique. Les différentes approches employées par la plate-forme font appel à deux techniques d'analyse : la Spectrométrie de Masse (MS) et la Résonance Magnétique Nucléaire (RMN). Les données peuvent ensuite être traitées et analysées sur la plate-forme.

•  La Spectrométrie de Masse

Corsaire propose divers couplages chromatographie-spectrométrie de masse :
- la LC (chromatographie en phase liquide)
- la GC (chromatographie en phase gazeuse)
- la SFC (chromatographie en phase supercritique)

Les sources d'ionisation sont également diversifiées :
- Impact électronique
- Ionisation chimique
- Electrospray

Enfin, les modes d'analyse et de détection peuvent varier de la MS simple à la MSn avec une fragmentation multiple permettant d'annoter voire d'identifier les molécules.

Les possibilités d'analyse sont donc nombreuses, et peuvent consister à rechercher et à doser un composé unique, à réaliser des analyses ciblées de familles de composés, à caractériser des éléments à l’état de traces ou encore à compléter des analyses globales d’approches métabolomiques. Les analyses ciblées dans des matrices de nature animale, algale ou végétale concernent notamment :

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•  La Résonance Magnétique Nucléaire

La RMN (Résonance Magnétique Nucléaire) est une méthode d’analyse basée sur le comportement magnétique du noyau des atomes. Elle permet d’obtenir des informations structurales et quantitatives sur une grande variété de matrices biologiques (extraits, biofluides, biopsies, etc...).

L’offre RMN de la plateforme Corsaire est variée et couvre une large gamme de techniques et d’approches analytiques :
- analyse d’échantillons liquides (extraits solubilisés, biofluides…) par RMN liquide haute résolution,
- analyse d’échantillons semi-solides (biopsies, …) par RMN HR-MAS,
- analyse structurale par RMN 1D et 2D (noyaux 1H, 13C, 15 N…),
- analyse quantitative de haute précision, y compris en mélange complexe, par RMN 1D et 2D quantitative.

De plus, la plateforme Corsaire développe des méthodes de pointe permettant de répondre à des défis méthodologiques croissants :
- RMN 2D rapide et ultrarapide pour l’analyse quantitative et le profilage haut débit,
- analyse isotopique en abondance naturelle pour l’authentification et l’étude du métabolisme,
- approches de RMN de paillasse pour le profilage et le suivi de (bio)transformations.

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•  Le traitement et l'analyse des données

Le traitement des données en métabolomique est réalisé grâce à des outils tels que XCMS, ou plus récemment Galaxy Workflow for Metabolomics (W4M), outil de traitement des données de métabolomique initialement développé par la plateforme Abims/Station Biologique de Roscoff. Ce workflow intègre l’ensemble des outils nécessaires au traitement des données issues de couplage Chromatographie/Spectrométrie de masse et de RMN.

Les personnels extérieurs à la plateforme venant réaliser leurs analyses ont accès aux logiciels d’acquisition et de traitement des données qui sont attachés aux appareils utilisés par ces personnels.

Les analyses statistiques des données se font au travers d’analyses de type univarié (test de student/Mann Whitney) ou multivarié (ACP, PLS-DA, OPLS-DA avec validation du modèle) avec le logiciel R ou grâce à l'outil Galaxy.

Présentation de W4M : http://workflow4metabolomics.org/
Tutoriels : onglet "How To"

Analyses de données avec W4M :
https://galaxy.workflow4metabolomics.org/

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Vous avez besoin de résultats en métabolomique pour vos projets, n'hésitez pas à contacter l'animatrice de la plate-forme qui pourra vous aider à formuler votre demande.

A toute demande, nous ferons une réponse personnalisée. En remplissant la fiche de demande d'analyse le plus précisément possible, vous nous aiderez à orienter correctement votre demande.